船舶安全環境課
船舶が航行するために必要な船舶国籍証書の交付等の船舶登録事務や船舶・舶用品・海洋汚染防止設備などの検査（条約）証書の交付事務などを担当しています。
船員労働環境・海技資格課
船員の雇入止届出・船員手帳交付・各種資格認定や海技士国家試験・海技免状の交付を担当しています。
調整官
海上の安全・環境に関する包括的な企画・立案・調整を行っております。
海事保安・事故対策調整官
海上テロや放置座礁船に関する対策を行っております。
運航労務監理官
旅客航路事業に関する安全上の審査、船舶の運航管理に関する監査及び指導並びに輸送の安全確保に関する監督、船舶運航事業における運輸安全マネジメントの実施等をしております。また、船員の労働条件、安全衛生その他労働環境及び船内規律に関する監査並びに船舶職員の資格及び定員に関する監査等を担当しています。
海事技術専門官（船舶検査官・船舶測度官）
船舶が安全でクリーンに航行できるよう船舶の検査を担当しています。また、各種課税・規制基準となる船舶のトン数の測度も担当しています。
海技試験官
海技士国家試験、水先人試験の執行を担当しています。
外国船舶監督官
外国船舶の航行の安全確保及び海洋の汚染防止に係る監督等を担当しています。
